Equivalent fitness increase achieved by active learning-navigated habitat reconstruction and evolution-induced genome mutation
본 연구는 활성 학습을 활용한 서식지 재구성과 실험적 진화를 통한 유전체 돌연변이가 세균의 적응도 증가에 동등한 효과를 발휘하며, 서식지 재구성이 유전적 제한을 우회할 수 있는 잠재력을 가짐을 입증했습니다.
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systems biology
138 편의 논문
HiMaLAYAS: enrichment-based annotation of hierarchically clustered matrices
이 논문은 계층적 클러스터링된 행렬에 대한 사후 enrichment 기반 주석을 가능하게 하고 통계적 단위로서 클러스터를 처리하여 생물학적 및 비생물학적 도메인 모두에 적용 가능한 파이썬 패키지 'HiMaLAYAS'를 소개합니다.
Treatment of murine autoimmune myocarditis with a novel monoclonal antibody that targets multiple inflammatory pathways
이 연구는 NK 세포 및 기타 세포독성 T 세포를 표적하여 다중 염증 경로를 억제하는 새로운 단일클론 항체 (anti-CD160) 가 자가면역성 심근염으로 인한 심부전 악화를 완전히 예방할 수 있음을 보여주었습니다.
Systems analysis of ribosomal CAR-site dynamics
이 논문은 분자 동역학 시뮬레이션 데이터를 네트워크 그래프로 변환하고 비지도 학습을 적용하여 리보솜의 CAR 부위 동역학을 분석한 결과, mRNA 코돈의 변이가 A-site 와 멀리 떨어진 P-site 의 수소 결합 상호작용에 변화를 일으켜 장거리 알로스테릭 신호 전달이 발생할 수 있음을 규명했습니다.
From the lung to the muscle: Systemic insights from an integrative MultiOmics analysis of harbour porpoises in poor respiratory health
본 연구는 북해와 발트해의 고래돌고래 12 마리의 폐와 근육을 프로테오믹스, 메타볼로믹스, 리피도믹스를 통합 분석하여 호흡기 건강 악화가 면역 반응, 산화 스트레스 및 에너지 대사 불균형에 미치는 전신적 영향을 규명하고, 질병 관련 분자 지문 (SLC25A4, SPEG 등) 을 도출함으로써 해양 포유류의 건강 모니터링 및 보전 전략 수립에 기여함을 보여줍니다.
Competition between mitochondrial and cytosolic ribosomes produces a bistable metabolic switch
이 논문은 효모에서 미토콘드리아 및 세포질 리보솜 간의 경쟁이 미토콘드리아 단백질 합성 속도와 세포 성장 속도의 비율에 의해 결정되는 이진성 대사 스위치를 생성하여 발효와 호흡이라는 두 가지 대사 전략 간의 전환을 가능하게 한다는 것을 규명했습니다.
Prediction variability in physiologically based pharmacokinetic modeling of tissue disposition under deep uncertainty
이 논문은 데이터 기반 모델에서 파생된 매개변수 오차와 검증되지 않은 가정으로 인해 심층 불확실성이 발생할 수 있는 생리학적 기반 약동학 (PBPK) 모델의 예측 변동성을 분석하여, 특정 약물 화학 공간에서의 모델 간 불일치와 예측 분산을 유발하는 요인을 규명했습니다.
Bimodal Coupling Optimization in Biological Rhythms: Balancing Energy Efficiency and Functional Demand
이 논문은 심박수와 호흡, 인슐린과 글루카곤 등 생체 리듬 시스템이 에너지 효율성과 기능적 요구 사이를 균형 있게 조절하기 위해 동기화 (에너지 절감) 와 비동기화 (기능 우선) 모드 간에 전환하는 이모달 결합 최적화 전략을 제시합니다.
Glycan Reachability Analysis: A Bottleneck-Aware Frameworkfor Inferring Tissue-Specic Glycan Biosynthetic Potential fromTranscriptomics
이 논문은 이진 임계값 방식의 한계를 극복하고 생합성 경로의 병목 현상을 고려하여 조직별 글리칸 합성 잠재력을 정량적으로 추정하는 '글리칸 도달성 분석 (Glycan Reachability Analysis)' 프레임워크를 제안하고, GTEx 데이터셋을 통해 그 유효성을 입증했습니다.
Novel Oral LNAD+ Increases Intracellular NAD and Metabolic Flux Without Elevating Circulating NAD: Evidence from a Randomized Controlled Trial
무작위 대조 시험 결과, 경구용 LathMized NAD+(LNAD+) 는 전신 NAD 수치를 높이지 않으면서도 세포 내 NAD 를 유의하게 증가시키고 대사 흐름을 활성화하며 안전성이 입증되었습니다.
An Integrated Analysis of GLP-1R Agonist Mechanisms: Addressing Study Variations in Heterogeneous Cell Systems
이 논문은 GLP-1R 작용제인 엑센나티드의 연구 간 변이를 해결하기 위해 새로운 모델 기반 통합 분석 접근법을 제시함으로써, 이질적인 체외 데이터 세트를 통합하여 임상적으로 관련 있는 기전을 도출하고 약물 개발의 유효성을 높였습니다.
Cost-saving, trading, and internalization of externality: three economic strategies underlying amino acid archetypes of human metabolic enzymes
이 연구는 다세포 생물의 대사 효소 아미노산 조성이 단순한 비용 최소화 원리가 아니라, 진화적 나이에 따른 비용 절감, 식이 섭취와 일치하는 대사적 거래, 그리고 액체 - 액체 상분리 단백질의 외부성 내부화라는 세 가지 경제적 전략을 통합한 다층적 시스템으로 작동함을 규명했습니다.
Combinatorial constraints predict that mitochondrial networks contain a large component
이 논문은 극단 그래프 이론을 활용해 미토콘드리아 네트워크의 3 중 분기 구조가 특정 생물학적 기능을 설명하지 않더라도 자연스럽게 거대 연결 성분의 출현을 예측할 수 있음을 증명함으로써, 미토콘드리아 형태 분석을 위한 새로운 기준 모델을 제시합니다.
Pan-cancer proteogenomic interrogation of the Ubiquitin Proteasome System
이 연구는 통합된 팬-캔서 프로테오게놈 분석과 'UbiDash' 플랫폼을 통해 암에서 E3 유비쿼틴 리가제의 변이, 발현, 조절 네트워크를 규명하여 표적 단백질 분해 치료의 새로운 표적과 치료 전략을 제시합니다.
MINGL Quantifies Borders, Gradients, and Heterogeneity in Multicellular Tissue Organization
이 논문은 기존 공간 오믹스 분석의 한계를 극복하고 조직 내 세포 간 경계, 기울기, 이질성을 정량화하기 위해 확률적 프레임워크인 MINGL 을 제안하여 조직 구조를 연속적이고 측정 가능한 방식으로 재정의합니다.
A trajectory-coupled network bottleneck governs gemcitabine resistance in 3D PDAC tissue models
이 연구는 3D 췌장암 조직 모델과 대규모 환자 데이터를 결합한 궤적 결합 네트워크 분석을 통해, G1-S기 진행과 상피 - 간엽 전이가 동시에 발생할 때 CDK1-CDKN1A-WEE1 축이 형성하는 네트워크 병목 현상이 젬시타빈 내성의 핵심 기전임을 규명했습니다.
VIOLIN: A modular framework for scalable reconciliation of heterogeneous interaction graphs
이 논문은 과학 문헌에서 추출된 이질적인 분자 상호작용 데이터를 체계적으로 통합하고 정제된 지식 그래프와 비교하여 일관성, 모순, 또는 확장을 분류할 수 있는 모듈형 프레임워크인 VIOLIN 을 제안하고 그 유효성을 검증합니다.
The Gibbs free energy landscape based on liver metabolome revealed thermodynamic robustness against fasting and obesity
이 논문은 GLEAM 이라는 새로운 계산 방법과 실험적 대사체 데이터를 활용하여, 금식과 비만이라는 대사적 스트레스 상황에서도 간 대사 반응의 깁스 자유 에너지 변화 () 가 효소 발현 비용을 통해 열역학적으로 견고하게 유지됨을 규명했습니다.
NeighborFinder: an R package inferring local microbial network around a species of interest
이 논문은 특정 미생물 종 주변의 직접적인 상호작용을 효율적으로 추정하여 대규모 메타게놈 데이터 분석에 적합한 R 패키지 'NeighborFinder'를 소개합니다.
A graph-based learning approach to predict the effects of gene perturbations on molecular phenotypes
이 논문은 대규모 유전자 간섭 실험의 비용과 노고를 줄이기 위해, 다른 유전자 간섭의 측정된 표현형 효과를 기반으로 그래프 기반 기계학습 모델을 구축하여 미측정 유전자의 분자 표현형에 대한 영향을 예측하고 실험 우선순위를 선정하는 새로운 접근법을 제시합니다.